Klášterní kostel vznikl na bývalém Klášterním náměstí v 17. století. Stavbu zahájil architekt Antonio de Alferi, Ital žijící v Praze. Základní kámen byl položen v roce 1642 a roku 1666 se budovu podařilo dokončit. Chloubou areálu se stal klášterní kostel zasvěcený Panně Marii.
Průčelí ve stylu klasického baroka je osazeno sochami sv. Augustina, patrona řádu, a jeho matky, sv. Moniky. Kostel není v současnosti veřejně přístupný. Samotný klášter na počátku 19. století postupně ukončil svou činnost a jeho budova byla využívána jako věznice. Dnes zde sídlí pracoviště táborského muzea s bohatými depozitáři.