Významnou kapitolou v dějinách města je existence židovské komunity. Tu dodnes připomíná nejstarší stavba ve městě, židovská synagoga, která je snad nejstarší stavbou tohoto druhu v republice. V upravené podobě dnes slouží jako kostel církve československé husitské. Další připomínkou židovské kultury v Kojetíně je židovský hřbitov, kde se pohřbívalo až do počátku 40. let 20. století. Smutný konec židů dnes připomíná pamětní deska na budově synagogy, která uvádí všechny oběti holocaustu.